مقایسه برنامه های سرهم‌بندی و آنالیز هستی‌شناسی با استفاده از داده‌های حاصل از توالییابی ترنسکریپتوم زرین‌گیاه (Dracocephalum kotschyi Boiss.)
نویسندگان
چکیده مقاله:
با پیشرفت‌های سریع در تکنولوژی توالییابی نسل جدید امروزه این تکنیک به ابزاری قدرتمند و کم‌هزینه برای مطالعات در سطح ترنسکریپتوم تبدیل شده است. سرهم‌بندی داده‌های حاصل از توالییابی نسل جدید، به‌صورت de novo باعث شکل‌گیری مسیری نوین در مطالعه و شناخت گونه‌های فاقد ژنوم مرجع گردیده است. با گسترش این تکنولوژی و افزایش روز افزون نرم‌افزارهای سرهم‌بندی، انتخاب مسیر و گزینش نرم‌افزار برتر برای سرهم‌بندی داده‌های حاصل از توالییابی ترنسکریپتوم به عنوان چالشی برای زیست‌شناسان در این زمینه به‌شمار می‌آید. در این پژوهش برای اولین بار داده‌های حاصل از توالییابی ترنسکریپتوم زرین‌گیاه با استفاده از نرم‌افزارهای Oases-velvet، SOAPdenovo-Trans، Trans-ABySS و Trinity به دو صورت مختلف با استفاده از پارامتر K=25 و K=32 به‌منظور دستیابی به مسیر مناسب و نرم‌افزار برتر در این زمینه مورد ارزیابی و آنالیز قرار گرفت. نتایج حاصل از سرهم‌بندی براساس معیارهای متعددی مقایسه شده که گویای برتری Trinity و Trans-ABySSمی‌باشد، در پایان خروجی حاصل از بهترین سرهم‌بندی به منظور بررسی فراوانی ایزوفرم‌های مختلف و آنالیز هستی‌شناسی (Gene Ontology) مورد ارزیابی قرار گرفت. باتوجه به دارویی بودن این گیاه و بالا بودن متابولیت‌های ثانویه آن، بیشترین فراوانی در بخش فرایندهای زیستی، مربوط به فعالیت‌های متابولیتی گزارش شد.
منابع مشابه
Antidiarrhoeal assessment of hydroalcoholic and hexane extracts of Dracocephalum kotschyi Boiss. and apigenin in mice
Dracocephalum kotschyi Boiss, a member of Labiatae family, is a native plant to Iran, which has been reported to have immunomodulatory, antihyperlipidemic and antispasmodic activities. The objective of this research was to study the antispasmodic and antidiarrhoeal activities of hydroalcoholic and hexane extracts of D. kotschyi in mice. Furthermore, the antidiarrhoeal and antispasmodic effect o...
متن کاملComparison of antispasmodic effect of hydroalcoholic extract of Dracocephalum kotschyi Boiss. in rat uterus and ileum
Dracocephalum kotschyi Boiss. is a traditional medicine with antispasmodic activities. The objective of this research was to study antispasmodic activities of hydroalcoholic extract of D. kotschyi on rat isolated uterus contractions for comparison with isolated ileum. Hydroalcoholic extract was obtained from aerial part of D. kotschyi using percolation method. A portion of rat ileum or uterus w...
متن کاملSeasonal variation of mono- and sesquiterpenoid components in the essential oil of Dracocephalum kotschyi Boiss
Background and objectives: Dracocephalum kotschyi is a plant which belongs to the Lamiaceae family and exists mostly in south-west Asian countries, including Iran. This plant is used as antispasmodic, analgesic and anti-inflammatory to treat rheumatoid diseases. Methods: In order to investigate the impact of the harvesting time changes on the quantity and quality of monoand sesquiterpenoid comp...
متن کاملInvestigation on Chemical Composition, Antimicrobial, Antioxidant, and Cytotoxic Properties of Essential Oil from Dracocephalum Kotschyi Boiss
BACKGROUND Dracocephalum kotschyi Boiss is a herb with wide-spread applications. Lorestan traditional healers have applied it for the treatment of rheumatoid diseases and stomach disorders. MATERIALS AND METHODS Hydrodistillation process was used for essential oil extraction, the extracted essential oil was then analyzed through combination of capillary GC-FID, GC-MS and RI. The in vitro anti...
متن کاملحفاظت بذرهای بادرنجبویه دنایی (Dracocephalum kotschyi Boiss.) با استفاده از دو روش شیشه‌ای شدن و کپسوله-آبگیری در شرایط فراسرد
امروزه حفظ تنوع گونه‌های گیاهی دارویی-مرتعی و جلوگیری از فرسایش تنوع ژنتیکی آنها از اهمیت دو چندانی برخوردار است. گیاه بادرنجبویه دنایی (Dracocephalum kotschyi Boiss.) از جمله گیاهان مهمی است که بر اثر برداشت‌های بی رویه و تغییرهای آب و هوایی در معرض خطر انقراض و نابودی قرار گرفته است. از این‌رو در پژوهش حاضر اثر تیمارهای کپسوله-آبگیری و شیشه‌ای شدن با محلول‌های آبگیری pvs2 و pvs3 در تکنیک...
متن کاملThe effect of cyclosporine on asymmetric antibodies and serum transforming growth factor beta1 in abortion-prone model of mice CBA/J x DBA/2
كچ ي هد فده و هقباس : ي ک ي طقس زورب للع زا اه ي ،ررکم ا لماوع تلاخد ي ژولونوم ي ک ا رد ي ن قم طققس عون ي وراد دقشاب ي س ي روپسولک ي ،ن ح لدم رد طقس شهاک بجوم ي ناو ي CBA/j×DBA/2 م ي تنآ ددرگ ي داب ي اه ي ان و راققتم TGF-β لماوع زا عت مهم يي ن گلماح تشونرس هدننک ي سررب روظنم هب رضاح هعلاطم تسا ي ات ث ي ر اس ي روپسولک ي ن م رب ي از ا ي ن تنآ عون ي داب ي س و اه ي اکوت ي ن TGF...
متن کاملمنابع من
با ذخیره ی این منبع در منابع من، دسترسی به آن را برای استفاده های بعدی آسان تر کنید
ذخیره در منابع من قبلا به منابع من ذحیره شده{@ msg_add @}
عنوان ژورنال
دوره 33 شماره 2
صفحات 207- 217
تاریخ انتشار 2020-06-21
با دنبال کردن یک ژورنال هنگامی که شماره جدید این ژورنال منتشر می شود به شما از طریق ایمیل اطلاع داده می شود.
کلمات کلیدی
میزبانی شده توسط پلتفرم ابری doprax.com
copyright © 2015-2023